房地產開發商只要按照成熟的房地產開發工作流程進行規範運作，並圍繞專案管理工作任務建立了與之配套嚴密的組織和制度，加強各流程階段工作的計劃性及其嚴肅性，注意預控，就一定會在實際操作過程中減少專案管理的難度，提高專案管理的質量和效率。
1. 專案決策階段開發商的專案市場定位及決策機制不完善，即專案前期市場可行性研究工作的不到位，是影響專案管理有效實施的根本。
前期對市場研究不充分，決策緩慢。由於沒有詳細、“可行”的專案可行性研究報告，使得專案的規劃設計遲遲不能如期進行，即使勉強進行了多方案的規劃概念設計，也會因為市場研究不充分，心中無底，評判“標準”不明確，猶豫不決，致使專案決策慢、效率低。有些開發商高層領導以“市場是變化的，專案定位不能太死”為藉口不重視前期的專案詳細可行性研究。因市場和產品研究不詳細，導致決策遲緩，浪費了專案的事機、時間。決策高層“猶豫”了一段時間後，一定會匆忙決策，這樣的決策確定的專案產品肯定不科學、不繫統、不全面，也不完全可行。
決策機制不完善。決策階段的匆忙、猶豫及其引起的問題一定會在以後的專案建設、銷售、交付及使用過程中反映出來，可以說由此造成的專案管理難度是“胎”裡帶的。例如在建設過程中經常出現原則性、功能性的大變動、變更，“傷筋動骨”。當工程“不得不”匆忙上馬或工程待定內容久拖不決時，因市場定位的前期基礎資料不豐富、產品研究方面資源整合匱乏等，所謂決策就成了幾個領導的“拍腦袋”，決策成了經常性的、臨時倉促“救火”的具體工作。公司高層領導成了具體工作的操作者和矛盾的焦點，也成了工程建設關注、等待和推脫責任的 “注目點”，前期的市場研究和產品研究問題此時就演變成了工程變更的技術問題和工程建設的專案管理問題等，許多本應相關專業人員或部門做的具體技術問題反而會集中在公司高層領導處。
專案決策階段的問題在專案實施過程中會造成專案管理的諸多困難。例如某專案的陽臺欄杆形式確認達半年之久;某專案在銷售階段才意識到戶型單一、戶型偏大及市場定位偏差問題;某在建專案使用市場定位由住宅改為商務公寓功能的“正確”修改;某專案重新進行產品定位和重新設計;公司領導層經常為建設過程中不時出現的戶型修改、材料顏色、裝修效果、窗型、車位擺放等而“救火”;某專案已拿地近3年，產品定位不明，概念設計已經進行一年有餘，至今仍猶豫不決等等。工程現場經常處於等圖狀態，要麼沒有圖紙、要麼改圖，甚至工程交付標準都不明確，工程現場只有等待或無所適從或發出修改圖後急忙安排敲打、改造，有工期目標時只有“著急”，無工期目標時“乾耗”(無工程建設目標的本身就不可思議!)，專案管理目標往往落空，無論是開發商內部的工程管理和銷售部門等，還是參與專案的設計、監理、施工單位及政府規劃、建設、房地產管理部門和購房客戶等各個方面都不滿意。
決策階段工作效率低下，導致專案實施喪失機遇，效益損失。時間就是金錢，效率就是效益，要算大帳，提高工作效率。如果某開發商年度完成開發工程量近10億元，僅利息一項每延誤一天平均大約要直接損失10餘萬元。
2. 施工圖設計檔案供應遲慢，變更多。
因市場研究階段進行得不細緻、不規範，專案投資決策階段的問題拖到了專案實施決策階段來解決，本應屬設計師的工作受到了開發商的過多幹預和限制，在工程專案管理方面的表現就是施工圖技術檔案慢、建設過程中變更多。
許多開發商的專案規劃和建築方案是開發商高層領導包辦“設計”的，使得規劃、建築設計單位及設計人員無所適從，專案無詳細、完整的規劃和建築設計，整體設計不繫統、不配套、不協調，設計師成了開發商高層領導手中的一支“筆”，設計師無創意，也不願動腦筋，做出的規劃和建築效果的確是完全體現了開發商意圖，但產品功能性、系統性和效果的設計失誤的責任也由開發商承擔。
開發商的高層領導往往認為在設計階段一定要嚴格“把關”，然而因為沒有詳細、“可行”的可行性研究報告作為產品評價標準，所以開發商的某幾個高層領導的“感覺”就成為了規劃、建築設計的評判依據，由此造成了工程建設內容經常變化，如某小區的變配電房是後加上去的;分期建設的小區中垃圾儲運問題至今仍未解決;小區原先規劃的地下停車位不足，新增建地下車庫;因產品定位修改，導致在建專案的外飾及雨蓬修改;景觀設計不繫統、無主題。大量的工程變更嚴重影響了工程建設的開展，設計師成了“改圖師”，設計變更多，工程簽證多，故工程的質量、進度、投資控制目標也就無法如期實現。
專案設計資源整合不足會影響專案設計檔案的質量、供應時間、工程內容介面等工作，從而影響專案管理。在當今小區的開發建設中，景觀園林工程已成了一項不可或缺的內容。開發商的小區開發建設中，景觀設計資源整合不足，景觀設計工作滯後，景觀與整個小區不協調，而且景觀工程實施滯後，失去了景觀美化的意義，經常改動，制約了專案的建設，也沒有起到促銷的作用;建築細部設計及裝修設計滯後。現在的開發專案中從樣板房到公共部分均需精裝，甚至要向精裝交房過渡。因交付標準不明，建築細部設計不到位、裝修設計滯後，往往後期裝修倉促上陣;許多工程的外立面裝飾及窗型等遲遲不能確定等。
3. 工程施工承包合同不嚴密，專案收尾階段交叉施工作業時，發包工程內容及介面界定不清，沒有從根本上採取措施重視工程收尾階段的工作，甲方分包工程專案管理難。
目前的工程管理中，尤其在高層建築及大型小區的開發建設實施過程的後期，甲方分包工程的施工單位與單位工程總承包施工單位以及甲方分包工程施工單位之間的配合和介面問題上，矛盾越來越突出，成為房地產開發專案管理的難點之一。
因高層專案或大型小區的參建施工單位眾多、交叉作業多，進場、退場的時間也各不相同，甲方除了與單位工程的土木建築及安裝施工企業(即工程總承包施工單位)簽訂所謂總承包工程施工合同之外，其中許多專業工程或配套工程的施工單位也直接與甲方簽訂工程施工合同。工程的前期主要是專案總承包單位進行的土建施工工作，工作單一，專案管理工作簡單，容易進行;施工單位的內部作業分包往往主要由其自己管理，對於施工合同有約定的納入施工單位自行管理的甲方指定分包或專業分包，監理方及甲方工程管理人員在此方面的專案管理工作也容易做，難的就是與甲方獨立簽訂工程施工合同且合同中又無工程配合、介面內容等要求的工程配合問題。因工程招標時要求不完善，簽訂的工程施工合同不嚴密，尤其是關於工程配合、交介面、及半成品保護方面的合同內容約定不詳細，合作意識“較差”的施工單位對甲方分包工程配合問題“過於認真”、“斤斤計較”，使工程專案管理困難重重，總是在腳手架、垂直運輸、臨時水電使用及費用分攤、材料堆放、垃圾清運、安全文明施工管理、交接驗收、成品保護、工程資料銜接和整合管理、配合費用等工程介面、配合方面糾纏不清，也是造成工期拖延的重要因素。
總承包施工單位對甲方分包的專案不承擔“總承包”責任，甲方分包工程的施工單位有了需溝通、協調的問題也往往直接找甲方，監理方在這方面也無能為力，監理方此時最多是甲方的助手，倒是甲方成了真正的“總承包”單位，甲方的現場專案管理人員成了工程現場的“總協調”，難怪甲方現場工程管理人員說工程到了收尾階段其有80%以上的工作精力和工作量都花費在了“協調”工作上。出現了工程質量和拖延工期問題後相互扯皮，向甲方推諉責任，責任不好界定，如此甲方分包工程還有違反建築法及工程質量、安全管理條例等法規之嫌疑。