草菇的整個栽培過程都會發生黴菌危害，後期比前期多，因此一定要注意防治。其具體的防治措施如下：
一、木黴
木黴在4~42℃都能生長，孢子萌發喜高溼環境，侵害草菇培養基時，初期白色棉絮狀，後期變為綠色，菌種如果被木黴危害，必須報廢，即使輕度感病的菌種也應棄之不用。對木黴至今沒有理想的根治性藥物，常用的'殺菌藥對木黴只是抑制，而不是殺死，加大藥量，只能同時殺死木黴和草菇菌絲。因此，創造適合草菇菌絲生長而不利於木黴繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。一旦發生木黴危害，要立即通風降溫，以抑制木黴的擴充套件，處於發菌階段的培養料感病以後，可採用注射藥液的方法抑制木黴擴張。常用藥液：5%的石碳酸、2%的甲醛、50%多菌靈200倍液、75%甲基託布津、pH值為10的石灰水。此外，往汙染處撒白灰面農業論文，防治效果也很好。
二、鏈孢黴
生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長後期呈粉紅色、黃色論文發表。大量分生孢子堆整合團時，外觀與猴頭菌子實體相似，鏈孢黴主要以分生孢子傳播危害，是高溫季節最易發生的雜菌。鏈孢黴菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性，一旦大發生，便是滅頂之災，其後果是菌種、培養袋或培養塊成批報廢。鏈孢黴的藥物防治可參照木黴的防治。菌袋生產時，如果發現鏈孢黴，在分生孢子團上滴上柴油，可防止鏈孢黴的擴散。菌袋發菌後期受害，一般不要輕易報廢，可將受害菌袋埋入深30~40釐米透氣性差的土壤中，經10~20天缺氧處理，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。
三、毛黴
毛黴又叫黑黴、長毛黴。菌絲初期白色，後灰白色至黑色，說明孢子囊大量成熟，該菌在土壤、糞便、禾草及空氣中到處存在。在溫度較高、溼度大、通風不良的條件下發生率高。發生的主要原因是基質中使用了黴變的原料，接種環境含毛黴孢子多，在悶溼環境中進行菌絲培養等。防治方法同木黴。