一、基本規定與分類差異
《基本準則》規定，費用是指企業在日常活動中發生的、會導致所有者權益減少的、與向所有者分配利潤無關的經濟利益的總流出。費用只有在經濟利益很可能流出從而導致企業資產減少或者負債增加、且經濟利益的流出額能夠可靠計量時才能予以確認。企業為生產產品、提供勞務等發生的可歸屬於產品成本、勞務成本等費用，應當在確認產品銷售收入、勞務收入等時，將已銷售產品、已提供勞務的成本等計入當期損益。企業發生的支出不產生經濟利益的，或者即使能夠產生經濟利益但不符合或者不再符合資產確認條件的，應當在發生時確認為費用，計入當期損益。企業發生的交易或者事項導致其承擔了一項負債而又不確認為一項資產的，應當在發生時確認為費用，計入當期損益。符合費用定義和費用確認條件的專案，應當將其列入利潤表。
在會計準則應用指南中，通過會計科目對企業的成本、費用、損失和稅金進行了劃分和範圍的確定。對成本設定了“主營業務成本”、“其他業務成本”會計科目，對費用設定了“銷售費用”、“管理費用”和“財務費用”會計科目，對稅金設定了“營業稅金和附加”和“所得稅費用”會計科目，對損失設定了“資產減值損失”和“營業外支出 ”會計科目。
在企業所得稅中，與會計準則成本費用對應的概念是扣除額。扣除額=會計核算的成本、費用、損失和稅金-稅法規定不允許稅前扣除的成本、費用、稅金、損失和其他支出-稅法規定有限額在稅前扣除的成本、費用、稅金、損失和其他支出。
《企業所得稅法》第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，可以在計算應納稅所得額時扣除。根據《實施條例》第二十七條規定，企業所得稅法第八條所稱有關的支出，是指與取得收入直接相關的支出。企業所得稅法第八條所稱合理的支出，是指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。第二十八條規定，企業發生的支出應當區分收益性支出和資本性支出。收益性支出在發生當期直接扣除；資本性支出應當分期扣除或者計入有關資產成本，不得在發生當期直接扣除。企業的不徵稅收入用於支出所形成的費用或者財產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。除企業所得稅法和本條例另有規定外，企業實際發生的成本、費用、稅金、損失和其他支出，不得重複扣除。
二、成本
會計準則界定的“主營業務成本”科目，核算企業確認銷售商品、提供勞務等主營業務收入時應結轉的'成本。“其他業務成本”科目核算企業確認的除主營業務活動以外的其他經營活動所發生的支出，包括銷售材料的成本、出租固定資產的折舊額、出租無形資產的攤銷額、出租包裝物的成本或攤銷額等。
《實施條例》第二十九條規定，企業所得稅法第八條所稱成本，是指企業在生產經營活動中發生的銷售成本、銷貨成本、業務支出以及其他耗費。對會計準則與稅法界定的成本差異分析如下：
1．成本的範圍
稅法所指的成本概念與一般會計意義上的成本概念有所不同。會計上成本，是指企業在生產產品、提供勞務過程中勞動物件、勞動手段和活勞動的耗費，是物件化的費用，針對一定的產出物計算歸集的。在實務中，成本一般包括直接材料、直接人工、燃料和動力、製造費用。
稅法上的成本比會計上的成本範圍要大，包括納稅申報期間已經申報確認的銷售商品（包括產品、材料、下腳料、廢料和廢舊物資等）、提供勞務、轉讓、處置固定資產和無形資產的成本。企業物件化的費用，有的成為在產品、產成品等存貨，只有銷售出去，並在申報納稅期間確認了銷售（營業）收入的相關部分商品的成本才能申報扣除。
由於所得稅法和財務會計制度的目的不同，會計收入分類側重於經濟收入的穩定性和經常性，稅法收入分類的基礎是稅收政策待遇的異同。因此，稅法中成本歸集的內容不僅包括企業的主營業務成本（銷售商品、提供勞務、提供他人使用本企業的無形資產），還包括其他業務成本（銷售材料、轉讓技術等）和營業外支出（固定資產清理費用等）。
納稅人必須將經營活動中發生的成本合理劃分為直接成本和間接成本。直接成本是可直接計入有關成本計算物件或勞務的經營成本中的直接材料、直接人工等。間接成本是指多個部門為同一成本物件提供服務的共同成本，或者同一種投入可以製造、提供兩種或兩種以上的產品或勞務的聯合成本。
直接成本可根據有關會計憑證、記錄直接計入有關成本計算物件或勞務的經營成本中。間接成本必須根據與成本計算物件之間的因果關係、成本計算物件的產量等，以合理的方法分配計入有關成本計算物件中。
2．製造成本的分配
為準確計算稅前扣除成本，企業應將全部製造成本在產品和完工產品之間進行合理分配。企業的產品製造成本可採用簡單法（品種法）、分批法（定單法）或分步法等方法進行計算。如果企業從事的是單步驟的簡單生產，產品單一，沒有在產品，可採用簡單法按產品品種歸集計算產品製造成本；如果納稅人從事的是單件、小批的複雜生產，可採用分批法按批計算產品製造成本；如果企業從事的是連續式大量大批覆雜生產，應採用分步法分產品、按步驟核算各步驟的半成品和產成品的成本。
3．間接成本的分配
在計算確定稅前扣除成本的過程中，一個重要的問題是如何合理分配間接成本。過去對這一問題沒有給予足夠的重視，間接成本的分配完全由企業會計人員確定，會計實務中雖然有一些習慣做法，但分配的合理性與否並沒有較具約束性的規定。這很容易成為企業在不同納稅期間或不同產品、應稅專案和非應稅專案之間調劑利潤、設法避稅的手段，因此，需要對間接成本明確提出合理分配的原則要求。
對多部門為同一成本物件提供服務的共同成本的分配，一般應以共同成本與成本物件的因果關係為基礎。如果共同成本與成本物件之間的關係不止一種，可採用雙重或多重基礎分配。在一般分配基礎無法反映其間的因果關係時，也可採取某些複雜性指標。如果無法確定共同成本與成本物件之間的關係，納稅人確定的最合理的分配基礎應保留詳細資料，以備稅務機關審查。