保障性安居工程是黨中央國務院關注民生、心繫百姓、解決低收入者住房問題的一項重大民生工程，加快保障性住房建設，對於促進社會和諧穩定和我國經濟社會發展都具有重要意義。那麼如何做好保障性安居工程跟蹤審計呢，要把握哪些重點呢?
一、把握住房政策檔案
自2007年以來，中央出臺了一系列政策用於規範保障性住房建設，審計前，重點關注當地政府及下屬各相關部門在專案開始前是否認真貫徹落實國務院、省、市有關檔案精神，同時研讀審計署下發的保障性安居工程跟蹤審計相關政策及配套報表、並熟悉當地政府頒佈的保障性住房建設和管理辦法。
有些地方政府還與上一級政府簽訂了保障性住房目標責任狀，這更能反映該年度保障性住房建設總體情況，值得注意的是，應將目標責任狀與國家及省政府檔案相對照，從目標責任狀追查當地政府就目標責任狀所制定的相關政策，查清該年度工作目標、工作責任主體以及保障房建設目標是否按計劃完成、配租是否規範有序。
二、把握住房建設狀態
保障性住房建設狀態審計主要圍繞新開工、在建、竣工三個方面進行。
新開工專案取證應根據本年度省、市房管部門下發的檔案及目標責任書中明確的安居工程開工任務數，對照審計署下發的相關表格，審查新開工建設保障性安居工程是否如期開工、是否完成了目標責任書中開工任務數。所有新開工的保障性住房按類別進行劃分，主要對專案選址、規劃設計和土地劃撥進行審查，重點把握立項批覆手續是否完善、招投標程式是否合規以及“四證”辦理是否齊全。
在建專案取證應結合以往年度專案建設狀態和當年度目標責任書明確的保障性安居工程基本建成任務數，按正在施工和基本建成對在建專案狀態進行分類，以往年度專案截至審計時仍屬於在建的，應查清其竣工滯後原因;當年度在建專案應參照目標責任書中的任務數，根據施工合同、設計圖紙獲取戶型面積、住房套數和施工狀態等資訊，在施工過程中是否嚴格落實安全、環保、節能等強制性標準，是否存在影響施工進度等情形。
竣工專案是指截至審計時，所完成的竣工驗收的保障性專案個數。審計時按年度、房屋類別對每個竣工專案的竣工、配租及閒置情況做實地調查，審查的資料有竣工驗收報告及竣工結算書等。配租的.保障性住房主要審查配租套數、配租物件以及是否納入社會監督，對已竣工但閒置的保障性住房要查明其閒置原因。
三、把握住房配租資訊
保障性住房建設的首要目的在於改善城市低收入居民的居住條件，是重要的民生問題，做好保障性住房分配和配租工作對於改善民生、促進社會和諧穩定具有重要意義，因此在保障性安居工程跟蹤審計過程中加大對配租的保障性住房的審計力度至關重要。配租環節的審計，主要圍繞分配執行是否公開、公正、公平，歸根結底就是要確保真正符合條件的物件享受到保障性住房。
一要關注當地政府出臺的保障性住房管理辦法，具體檢視配租管理模式和保障性住房的保障物件、申報程式、稽核辦法，確定配租物件和配租排序的方式，重點把握有無出具虛假證明、騙租保障房等情況。二要關注保障性住房分配的公正性，分配過程是否公開透明，當地房管部門對保障性住房房源、配租方案、配租結果是否向社會及時公佈，配租過程中是否以搖號排序等方式公開進行。三要對配租入住物件進行調查，審計時應抽查配租物件的戶籍檔案，檢查是否有不符合條件的群體納入申報物件。四要深入保障房小區，將前期核實的實際竣工套數，與實地走訪的配租套數相比較，計算出閒置套數，製作竣工-配租-閒置取證單，並結合房管部門實際配租入戶檔案，核查是否存在虛報竣工套數、有無房屋閒置等情形，並對入住率和使用率進行調查，分析出產生問題的原因。
四、把握住房後續管理
保障性住房後續管理應作為跟蹤審計中延伸審計的一部分，近年來各地保障性住房建設規模日益擴大，在保障性住房建成後，形成長期有效的後續管理模式尤為重要，這直接關係到保障性住房建設的可持續發展。
審計前，應成立由審計、財政、民政、察監等組成的住房保障領導小組進行入戶抽查，且抽查面不低於30%，對其中有疑問的，由住房保障領導小組聯合會審，形成書面材料作為審計取證的一部分。深入小區重點關注保障性住房建設配套基礎設施是否完善、物業管理制度是否落實，檢查新建保障性住房設計的合理性和實用性，是否存在影響使用功能和安全功能的質量缺陷，並做好住戶反饋意見記錄。
雖然各地將“三審兩公示”制度作為保障性住房後續管理的一部分，但在審計過程中仍然發現有準入機制不合理、稽核機制不健全、退出環節不完善和後續長效管理服務不到位等問題。這就要求各地有關部門加快建立保障性住房基礎資訊管理平臺和居民家庭經濟狀況資訊核對平臺，健全住房保障資訊共享、聯審和核對機制。住房保障部門應當建立保障房和保障物件檔案，記載保障物件的申請、稽核和分配情況，保障房建設、籌集、出租情況，住房租賃補貼、住房租金補助發放情況，違法違規情況等資訊。作為保障物件也應當如實申報住房、人口、收入和經濟狀況，不符合保障條件的，應主動向房管部門報告並退出申請。